Etwa 500 Pflanzenarten und 500 Tierarten konnten hier bisher nachgewiesen werden. Über 400 Zuflüsse speisen den Biwa See, der mit einem Alter von etwa 4 Millionen Jahren zu den ältesten Seen der Welt zählt. Jährlich besuchen etwa 30 Millionen Besucher den Biwa See. Das Wasser dieses größten japanischen Sees wird vor allem für landwirtschaftliche Bewässerung und als Trinkwasser für über 14 Millionen Menschen genutzt.
Im Jahr 1984 startete die Shiga Präfektur Programme zur Reinhaltung des Biwa Sees, alarmiert durch die in den 60er und 70er Jahren dramatisch abnehmende Wasserqualität und den damit verbundenen Rückgang der Tierarten.