Der Taal See befindet sich in einer dicht besiedelten Region, in welcher sowohl die Landwirtschaft als auch andere Industriezweige rasch wachsen. Die gesamte Region um den Taal See herum unterliegt einem erheblichen Risiko durch den noch aktive Vulkan.
Die gravierensten Probleme sind die Überfischung sowie die Verschmutzung des Seewassers durch den Eintrag von Abwässern aus der Industrie und den privaten Haushalten. Aber auch die rasche Ansiedlung in der Taal Region zieht viele Probleme nach sich.
Der Taal See beheimatet die einzige Seeschlage, die dauerhaft im Süßwasser lebt, die Sempersche Ruderschlange (Hydrophis semperi), auch Taal-Schlange genannt. Der See ist auch Lebensraum für die nur hier vorkommende Süßwassersardine (Sardinella tawilis). Die Fischart Omobranchus ferox ist hier endemisch.