Die Holsteinische Schweiz ist das Land der Seen: Die während der letzten Eiszeit entstandenen, rund 200 Gewässer prägen noch heute maßgeblich das Landschaftsbild. Die Region liegt zum Teil im Naturpark Holsteinische Schweiz, der sich über 750 km² ausdehnt und damit der größte Naturpark des nördlichsten Bundeslandes ist.
Der mit Abstand größte See ist der Große Plöner See, seine Wasserfläche erstreckt sich auf fast 30 Quadratkilometern. Kellersee (5,6 km²), Dieksee (3,9 km²), Lanker See (3,2 km²) und Behler See (2,8 km²) sind die nächst größeren Seen. Zu den bedeutendsten Fließgewässern in der Region zählen die Flüsse Schwartau, Schwentine und Trave.
Die Gewässer bieten vielen, zum Teil auch seltenen Tier- und Pflanzenarten einen Lebensraum. Zahlreiche Brut-, Rast- und Wintervögel kommen in ganz Schleswig-Holstein vor. Zu den brütenden Wasservögeln zählen u.a. Haubentaucher, Reiherente und Schellente. Schilfrohrsänger und Rohrdommel leben in den Schilfröhrichten der Seen. Auch der Seeadler ist hier heimisch, seine Bestände nehmen weiter zu. Verschiedene Amphibien, wie Rotbauchunke, Laubfrosch und Moorfrosch besiedeln die feuchten Senken und Moore.
Fischotter zählen nach wie vor zu den bedrohten Tierarten, die in den letzten Jahren die Lebensräume in Schleswig-Holstein von Norden aus Dänemark und von Süd-Osten aus Mecklenburg-Vorpommern kommend wieder besiedelt haben. Seit 1999 initiiert Wasser Otter Mensch e. V., ausgehend von der Schwartau und Schwentine, Fischotter-Schutz-Projekte im ganzen Land Schleswig-Holstein. Der Fischotter bevorzugt großräumige, vernetzte und intakte Gewässersysteme mit ausreichendem Nahrungsangebot. Für seinen Schutz ist es wichtig, die Gefahren durch Straßen, Reusen, Gifte und Lebensraumzerstörung zu minimieren und Gegenmaßnahmen zu ergreifen.