Das Delta ist in vier Zonen aufgeteilt, die sich bezüglich ihrer Ökologie und Flora stark unterscheiden. Der sog. Pfannenstiel (Panhandle), der permanent wasserführende Unterlauf des Okavango Flusses, ist mit Papyrus-Arten (Cyperus papyrus) bewachsen. Die zweite Zone umfasst die Sumpfgebiete am Ende des Pfannenstiels, die zeitweise überflutet sind. Dieses Gebiet ist ein Mosaik aus freien Wasserflächen und schwimmenden Inseln. Die Gebiete am Rand des Deltas, die zeitweise austrocknen, bilden die dritte Zone. Die großen Inseln (Chief Island, Chitabe Island) innerhalb des Deltas und die Sandzungen, die sich von Süden her in das Delta erstrecken, sind die vierte Zone. Ungefähr 1.300 verschiedene Pflanzenarten sind im gesamten Deltagebiet ausgewiesen.
Die Ufervegetation ist ebenfalls sehr unterschiedlich, im Norden kommen Mopane- und Baikea-Waldgebiete vor. Aber auch Savannengebiete, die für die großen afrikanischen Säugetiere wichtig sind, Halbwüsten, Wiesen und Felder umgeben das Delta.