Von den etwa 4.500 Seen und Weihern Baden-Württembergs liegen über die Hälfte in den am Seenprogramm beteiligten Landkreisen Biberach, Ravensburg, Sigmaringen und dem Bodenseekreis. 113 der größten dieser Stillgewässer werden im Seenprogramm betreut. Entstanden sind diese Gewässer während der letzten Eiszeit, der Würmeiszeit. Außerdem wurden in Oberschwaben vor allem im Hoch- und Spätmittelalter von Klöstern und Adelshäusern zahlreiche ablassbare Weiher angelegt. In neuerer Zeit kamen noch Torf- oder Kiesabbauseen dazu.
Die Seen und Weiher der Region haben große Bedeutung für den Tourismus und die Naherholung. Sie sind aber vor allem für zahlreiche, teils gefährdete Tier- und Pflanzenarten ein einzigartiger Lebensraum. Viele dieser Seen und Weiher stehen unter Naturschutz und sind Bestandteil des europäischen Schutzgebietsnetzes (Natura 2000) und somit als FFH-Gebiet oder Vogelschutzgebiet ausgewiesen.
Alle diese Gewässer werden durch Einträge von Pflanzennährstoffen und erodiertem Bodenmaterial beeinflusst, ihr ökologischer Wert ist gefährdet. Gravierend zugenommen haben diese Belastungen seit den 1960er/1970er Jahren durch stark angestiegene Abwassereinträge und die intensivere Landwirtschaft. Die Gewässer wurden zunehmend eutropher (nährstoffreicher), Algen und Wasserpflanzen wuchsen stärker und ihr Verlandungsprozess wurde beschleunigt. Vielfach nahm die Artenvielfalt unter diesen ungünstigeren Bedingungen ab und es kam in der Folge immer wieder zu Fischsterben – Seen und Weiher „kippten um“.
Ziel des „Aktionsprogrammes zur Sanierung oberschwäbischer Seen“ ist, die zunehmende Eutrophierung und Verlandung aufzuhalten, die Gewässer langfristig zu erhalten und ihre ökologische Wertigkeit wieder zu verbessern.