In der Region Oberschwaben gibt es fast 2.300 offene stehende Gewässer. Die natürlichen Seen entstanden während der Würm-Eiszeit durch das Abschmelzen der Gletscher. Das Anlegen von Weihern geht hingegen auf klösterliche Kulturen zurück und erreichte im Mittelalter seinen Höhepunkt. Die künstlich angelegten Gewässer dienten vor allem der Fischzucht.
Auf Initiative des Regionalverbandes Bodensee-Oberschwaben wurde 1989 das Aktionsprogramm gegründet, um die Sanierung oberschwäbischer Seen voranzubringen. Zunächst wurden 33 Seen in das Programm aufgenommen, das durch das Regierungspräsidium Tübingen koordiniert wurde. Seit dem Jahr 2000 erfolgt die Koordinierung durch die PRO REGIO OBERSCHWABEN GmbH.
In den vier Landkreisen Biberach, Ravensburg, Sigmaringen und Bodenseekreis sind bisher 95 Seen und Weiher in das Seenprogramm aufgenommen und näher hinsichtlich ihrer chemischen und biologischen Parameter untersucht worden. Im Moment werden noch 75 Seen und Weiher aus 43 Gemeinden durch das Programm betreut, weitere 20 Gewässer werden zusätzlich untersucht und überwacht. Zu den 95 bisher untersuchten Seen und Weihern gehören unter vielen anderen Ilmensee, Argensee, Rohrsee und Andelshofer Weiher.