Übernutzung trotz Schutzstatus
Der See und seine ausgedehnten Schilfflächen sind Lebensräume für hier heimische Tierarten wie Andenkärpfling, Andenfuchs, Titicaca Riesenfrosch und Titicacataucher. Obwohl seit 1998 Ramsar-Schutzgebiet, wird der See seit Jahrzehnten übernutzt. Die Klärung der Abwässer von mehr als einer Million Menschen ist völlig unzureichend. So sind die Flachwasserbereiche, wie die Bahia de Puno, bereits mit Wasserlinsen bedeckt, die sich durch den ungebremsten Nährstoffeintrag stark ausbreiten. Abwässer aus der Leder-, Zement- und Holzindustrie sowie Schwermetalle aus legalen und illegalen Minen belasten den See.